VIEW ARTICLE DOI: 10.1094/ASBCJ-63-0073
Application of Ribotyping and rDNA Internal Space Analysis (RISA) for Assessment of Microflora in Brewery Environments. Asako Takeuchi (1), Kazumaru Iijima, Koji Suzuki, Kazutaka Ozaki, and Hiroshi Yamashita, Analytical Technology Laboratory, Asahi Breweries, LTD. 1-21, Midori 1-chome, Moriya-shi, Ibaraki, 302-0106, Japan. (1) Corresponding author. Phone: +81.297.46.1826; Fax: +81.297.461829; E-mail: <asako.takeuchi@asahibeer.co.jp> J. Am. Soc. Brew. Chem. 63(2):73-75, 2005. Accepted December 9, 2004.
The applications of ribotyping and rDNA internal space analysis (RISA) were evaluated for assessment of microflora in brewery environments. For this purpose, approximately 2,000 strains isolated in our breweries were analyzed by ribotyping, and the database was constructed using all the data acquired. The strains that displayed unidentifiable ribopatterns were presumptively identified by 16S rDNA analysis, and novel ribopatterns were registered in our database as Custom ID patterns. As a result, it was demonstrated that ribotyping is capable of discriminating the brewery isolates on the strain level and well suited to the detailed analysis of microflora in brewery environments. We have also successfully accumulated an enormous database of the strains isolated from the brewery environments. We further evaluated RISA as an inexpensive and rapid alternative to ribotyping. As a consequence, RISA was shown to distinguish strains broadly on the species level, which is sufficient for the practical assessment of brewery isolates. Because this technique has an advantage in terms of cost and time required for analysis, RISA was also considered to complement ribotyping as a prescreening method. On the basis of these results, we have developed a reliable system for assessing the microflora in brewery environments by combining ribotyping and RISA. Keyword: Riboprinter
Uso de Ribotipo y Análisis Interno de Espacio rADN (RISA) para Asesorar la
Microflora en Ambientes de Cervecería
Los usos de ribotipo y análisis interno de espacio rADN (RISA) fueron evaluados para asesorar microflora en ambientes de cervecería. Para este propósito, aproximadamente 2,000 cepas aisladas en nuestras cervecerías fueron analizadas por ribotipo, y una base de datos fue construida usando todos los datos adquiridos. Las cepas que exhibieron ribopatrones anidentificables fueron identificadas a presunto por análisis 16S rADN, y ribopatrones nuevos fueron registrados en nuestra base de datos como patrones de identificación especial. Como resultado, se demostró que ribotipo es capaz de discriminar los aislantes de cervecería a nivel cepa y muy capaz de análisis detallado de microflora en ambientes de cervecería. También hemos acumulado con éxito una base de datos enorme de cepas aisladas de ambientes de cervecería. Mas a fondo, RISA se evaluó como alternativa barata y rápida en cuanto a ribotipo. Como consecuencia, RISA fue demostrada distinguir cepas ampliamente a nivel especie, cual es prácticamente suficiente para asesorar aislantes de cervecería. RISA también se consideró complementario a ribotipo como prediscriminante, por la ventaja en términos de costo y tiempo requerido de análisis. En base a estos resultados, hemos desarrollado un sistema confiable para determinar la microflora en ambientes de cervecería con la combinación de ribotipo y RISA. Palabra clave: RiboPrinter